| 年月日 | 協議状況・経過等 |
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| 2001年6月27日 | 研究会「宇佐両院地域市町合併研究協議会」設置 |
| 2002年3月1日 | 任意協議会「宇佐両院地域市町合併任意協議会」設置 |
| 2003年2月 | 合併に関する住民アンケートの結果 |
| 宇佐市(住民2500人対象)：「賛成(31.3％)」「いずれ合併は必要(39.4％)」「反対(6.3％)」「わからない(21.7％)」「その他(1.3％)」 |
| 院内町：「賛成(25％)」「いずれ合併は必要(47.2％)」「反対(11.9％)」「わからない(14％)」「その他(1.9％)」 |
| 安心院町(世帯対象)：「賛成(14.2％)」「いずれ合併は必要(35.2％)」「反対(25.9％)」「わからない(23.6％)」「その他(1.1％)」 |
| 2003年4月1日 | 法定協議会設置 |
| 新市名公募上位10点：宇佐,宇佐院(うさいん),うさ,宇佐八幡(うさはちまん),新宇佐,宇佐両院,宇佐神宮,あいう,安院宇(あいう),神宮(じんぐう) |
| 新市名最終候補3点：宇佐,うさ,宇佐両院(うさりょういん) |
| 新市名：宇佐市(うさし) |
| 市役所：宇佐市役所 |
| 2004年1月28日 | 合併協定調印式 |
| 2004年3月3〜22日 | 合併関連議案を3市町が可決 |
| 2004年6月22日 | 合併関連議案を大分県議会が可決 |
| 2004年7月26日 | 官報告示 |
