メンバー紹介

[34269]Ｍ．Ｋ．さん
[34243]ＴＧＲＳさん

だんだん難しくなってきましたね。
現在のコードの付与方法は[34228]に示したとおり、「全国地方公共団体コード仕様」（平成１６年４月１日総務省）で規定されています。
アーカイブズにまとめられていますが、ここでIssieさんが指摘されているように、過去のコードはこの仕様どおりに付与されているとは限りません。
この仕様が「平成１６年４月１日」とあるように、仕様自体が過去に修正されていて、過去のコードの変更の背景は、その当時の仕様が反映されていると考えられます。
過去のコード仕様を遡って調べれば確かだと思いますが・・・ちょっと大変ですね。
以前話題となった堺市が政令市になった場合の大阪府のコードなど、現行仕様で支障が出るようになったら仕様を改正して、沖縄県島尻郡の例のように特例が作られる可能性が高いのではないでしょうか。

さらに、JISとの関係となると憶測の域を出ませんが、憶測してみます。
JISの市区町村コードの規格番号は、X0402です。Xは情報処理分野に用いられる記号ですから、総務省のコードから情報処理の規格として必要な部分のみ抜粋して作成されていると思われます。
JISの仕様には郡が新設されたときの扱い（鳳珠郡の場合など）は書かれていませんし、総務省のコードでは存在する６桁目の確認用コードもありません。
[34269]Ｍ．Ｋ．さんの補足になりますが、JISはあくまで「市区町村」のコードであって、総務省のコードには存在する一部事務組合（清掃や消防などの広域市町村組合です）のコードはありません。
（一部事務組合は新設・改廃が多いのでコードの使い回しが行われます）

話は変わりますが、JISって法定の規格なのにやたら著作権を主張しますよね。
市区町村コードのように公文書をまるごと引用して作成した（と思われる）規格に著作権とは・・・
外郭団体の貴重な収入源確保目的と疑われても仕方がない気がします。